デッキは20枚
紙のポケモンカードゲームでは、デッキは60枚で構成されていますが、ポケポケではわずか20枚でデッキが完成します。この少ない枚数が、ポケポケの最大の特徴です。お手軽なバトルをテーマにしているため、短時間で気軽に対戦を楽しむことができ、初心者でもすぐにゲームに入りやすくなっています。戦略を練る楽しさやカードの組み合わせを考える楽しさを、手軽に体験できるのがポケポケの魅力です。
同じ名前のカードは2枚まで
紙のポケカでは同じ名前のカードは4枚まで入れることができますが、ポケポケでは2枚までとなりました。2枚ずつ入れる場合は10種類、1枚採用のカードがあっても13種類程度になりそうです。また、2進化ポケモンを最大枚数入れる場合、紙のポケカでは12枚(デッキの25%)でしたが、ポケポケは6枚(デッキの30%)になります。
エネルギーはエネルギーゾーンからつける
デッキ枚数減少に伴い、エネルギーカードが無くなりました。毎ターン1つエネルギーをエネルギーゾーンからつけることができます。先行1ターン目だけはつけることができません。
先行1ターン目からサポート使用可能
紙のポケカでは先行1ターン目にサポートは使用出来ませんが、ポケポケでは使用可能です。最初のレギュレーションではサポートの種類が少ないため、先行1ターン目から使用したいカードは限られています。(博士の研究:2枚ドロー など)
サイド6枚から3ポイント制に変更
相手より先に3ポイント獲得したプレーヤーが勝利となります。
通常のポケモンを気絶させると1ポイント、exポケモンを気絶させると2ポイント獲得できます。
山札が無くなっても敗北にならない
ポケポケでは山札が無くなっても敗北にはなりません。エネルギーはエネルギーゾーンからつけることができるため、バトルを継続することができます。